Мониторинг окружающей среды (экологический мониторинг) — комплексная система наблюдений за состоянием окружающей среды, оценки и прогноза изменений состояния окружающей среды под воздействием природных и антропогенных факторов (Федеральный закон от 10.01.2002 г. №7-ФЗ «Об охране окружающей среды»). Пестициды во всех развитых странах являются объектами государственного мониторинга, то есть мониторинга, осуществляемого органами государственной власти. Например, в Великобритании осуществляется несколько государственных программ и планов по контролю пестицидов в сельскохозяйственной продукции и воде, а также учету случаев отравления диких животных пестицидами.
В Российской Федерации государственный мониторинг пестицидов в пищевой продукции и питьевой воде организуют и проводят Роспотребнадзор и Россельхознадзор. Ведомством, уполномоченным за экологический мониторинг пестицидов (почва, поверхностные воды и атмосферный воздух), является Федеральная служба по гидрометеорологии и мониторингу окружающей среды (Росгидромет). К компетенции Росгидромета относится разработка программ и методов экологического мониторинга пестицидов (РД 52.18.697-07 «Наблюдения за остаточными количествами пестицидов в объектах окружающей среды», РД 52.18.156-99 «Методические указания. Методы отбора объединенных проб почвы и оценки загрязнения сельскохозяйственного угодья остаточными количествами пестицидов», Р 52.24.309-2004 «Форма программы проведения наблюдений за содержанием пестицидов в поверхностных водах суши…» и другие нормативные документы) и осуществление практической деятельности по его проведению (ежегодные отчеты «Мониторинг пестицидов в объектах окружающей среды Российской Федерации»).
Участие регистрантов в программах послерегистрационного государственного экологического мониторинга пестицидов связано с предоставлением (разработкой, адаптацией) при регистрации пестицидов аналитических методов их контроля в объектах окружающей среды.